l’UNIKOL compte actuellement onze facultés (Droit, Sciences Agronomiques, Sciences, Sciences Economiques et de Gestion, Polytechnique, Lettres et Sciences Humaines, Sciences de l’Information et de la Communication, Médecine, Sciences Politiques et Administratives, Psychologie et Sciences de l’Education) et une école (Santé Publique).

L’UNIKOL est gérée par un comité de gestion composé d’un Recteur qui est secondé de deux secretaires généraux (académiques et administratifs) et d’un administrateur du budget. Au niveau facultaire.